იგი მფარველობა უწევდა აღნიშნულ შპს-ს და უკანონოდ ღებულობდა დიდი ოდენობით შემოსავლებს. კერძოდ, 2010 წელს "ნიუ ენერჯიმ'' თურქეთიდან ჩამოიტანა ჩოგბურთის და კალათბურთის მოედნების მოსაწყობი,  61845 ლარის ღირებულების ინვენტარი და თბილისში, სოფელ დიღომში ცეზარ ჩოჩელის საცხოვრებელი სახლის ეზოში დაამონტაჟა. გამოძიება მიმდინარეობს სსკ 337-ე 194-ე მუხლის მე-3 ნაწილით, რაც ითვალისწინებს 9-დან 12 წლამდე თავისუფლების აღკვეთას.

ცეზარ ჩოჩელი 2002 წელს ადგილობრივი თვითმმართველობის არჩევნების შედეგად დაბა ახალგორის საკრებულოს თავმჯდომარედ აირჩიეს, ხოლო ამავე წლის 2 ივლისს ახალგორის რაიონის გამგებლად დაინიშნა.

2003 წლის 2 ნოემბერს იგი აირჩიეს საქართველოს პარლამენტის წევრად ახალგორის მაჟორიტარულ საარჩევნო ოლქში. 2008 წლის თებერვლიდან მცხეთა-მთიანეთის მხარეში სახელმწიფო რწმუნებულადად - გუბერნატორად დაინიშნა. ცეზარ ჩოჩელი თანამდებობიდან 2012 წლის 24 ნოემბერს გადადგა.