1801 წელს რუსეთის იმპერიამ საქართველოს სახელმწიფოებრიობა გააუქმა, რასაც მალევე სულიერი მონებაც მოჰყვა - 1811 წელს რუსეთის სინოდმა საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალია გააუქმა და დამოუკიდებლობასთან ერთად, ჩვენი ადგილიც წაგვართვა მსოფლიო ეკლესიათა ჩამონათვალში.

რუსეთის იმპერიალისტურ პოლიტიკას თან ახლდა რეპრესიებიც. სახელმწიფოებრიობისა და ეკლესიის ავტოკეფალიის გაუქმების კვალდაკვალ გადაასახლეს კათოლიკოს-პატრიარქი და ქართული ეკლესია ეგზარქოსს დაუმორჩილეს. ეგზარქოსი თეოფილაქტე იქამდე მივიდა, რომ შეეხო წმინდა ნინოს საფლავსაც - ქართველები სიმდიდრეს ჩააყოლებდნენო, მაგრამ სწორედ იმ საფლავთან დალია სული. ეგზარქოსმა ევსევმა 200 000 მანეთი დაუტოვა თავის მემკვიდრეებს - გაყიდა ქართველ კათალიკოსთა უძვირფასესი სამოსელი, ხატებსა და სამოსლებს ძვირფასი თვლები ჩამოხსნა და მონაწილეობა მიიღო გელათის მონასტრის სამოსლების დატაცებაში. ამ სამოსლებიდან გადაადნეს 8 გირვანქა ოქრო, ხოლო მარგალიტებიდან და ფირუზებიდან სამკაულები დაამზადეს. მისივე მმართველობის დროს, ხახულის ხატს, რომელიც ლუკა მახარებლის დახატულია, ჩამოხსნეს ოთხი დიდი და შვიდი პატარა ლალი, რომლებიც ერთ დროს თამარ მეფეს ეკუთვნოდა და სწორედ მან შესწირა ამ ხატს. საქართველოში იმპერატორ ნიკოლოზ I-ის ჩამოსვლის წინ ეგზარქოსმა ევგენიმ, ,,სანიტარული წესრიგის” საბაბით, თეთრად შეალესინა სვეტიცხოვლის, ალავერდის, ერთაწმინდის უნიკალური ფრესკები.

დევნიდნენ ყველას, ვინც გაბედავდა, ხმა ამოეღო ქართული ენისა და ეკლესიის დასაცავად: გადაასახლეს და გზაში მხეცურად მოკლეს მოხუცებული დიმიტრი ყიფიანი. დევნიდნენ გაბრიელ ეპისკოპოსს, რომელიც აკრიტიკებდა მათს პოლიტიკასა და სწავლა-განათლების მათეულ მეთოდებს, მოსვენებას არ აძლევდნენ ამბროსი ხელაიასა და კირიონ საძაგლიშვილს, კაზაკების ძალით დაარბიეს კრება, რომელმაც გადაწყვეტილება მიიღო, სემინარიასა და სხვა სასწავლებლებში საღვთისმეტყველო საგნები ქართულ ენაზე ესწავლებინათ, ხოლო კრების მონაწილეები მათრახებით გვემეს...

სინამდვილეში ყველამ ძალიან კარგად იცოდა, რომ, თუ რომელიმე ეკლესიას ეკუთვნოდა დამოუკიდებლობა, მათ შორის ერთ-ერთ პირველს - სწორედ ქართულ ეკლესიას - მოციქულთაგან დაარსებულსა და განათლებულს. საქართველოში ქრისტეს სჯული იქადაგეს მოციქულებმა: ანდრია პირველწოდებულმა, სვიმონ კანანელმა, მატათამ და ბართლომემ. ნიკეის პირველი მსოფლიო კრების ოქმში, 325 წელს, მოხსენებულია ბიჭვინთის ეპისკოპოსი, რაც ადასტურებს საქართველოში ქრისტიანული თემის არსებობას თავისი საეკლესიო იერარქიითა და სტრუქტურით. ღვთისმშობლის წილხვედრ ქვეყანაში აღმართა ვაზის ჯვარი წმინდა ნინომ. წმინდა ვახტანგ გორგასლის დროიდან ქართლის ეკლესიას გააჩნდა საკუთარი საეკლესიო კრება, რომელიც უფლებამოსილი იყო, თავად განეგო საკუთარი საშინაო საქმეები; წმიდა გრიგოლ ხანძთელის მოწაფის, წმინდა ეფრემ მაწყვერელის ღვაწლით, საქართველოს ეკლესიამ მირონის კურთხევის უფლებაც მიიღო, რაც მხოლოდ ავტოკეფალურ სამოციქულო ეკლესიათა პრივილეგიაა. ქართულმა ეკლესიამ ავტოკეფალია ანტიოქიის ეკლესიისაგან 457 წელს მიიღო.

ამას გარდა, ამა თუ იმ ეკლესიისათვის ავტოკეფალიის ჩამორთმევა შეიძლება მხოლოდ მაშინ, თუკი ამას გადაწყვეტს იმ ეკლესიის ეპისკოპოსთა კრება. მსგავსი რამ არ მომხდარა, ამიტომაც საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის გაუქმება ისტორიული უსამართლობა და საერო და სასულიერო კანონების დარღვევა იყო.

მეოცე საუკუნის წარჩინებული ქართველების ღვაწლის შედეგად საქართველომ 1917 წელს დამოუკიდებლობა გამოაცხადა, ამავე წელს, 1917 წლის 25 მარტს, ქართულმა ეკლესიამ ავტოკეფალია აღიდგინა. მისი დამოუკიდებლობა ყველა მართლმადიდებელმა ეკლესიამ სცნო, თუმცა ეს წერილობით დადასტურებული არ ყოფილა.

1917 წლის 12 ( 25) მარტს, ქართველმა სამღვდელოებამ საგანგებო კრებაზე მიიღო შემდეგი შინაარსის დოკუმენტი: 1) ამიერიდან, 12 მარტიდან, გრძელდება საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალია; 2) დროებით, კათოლიკოსის არჩევამდე, ეკლესიის გამგედ დაინიშნა გურია-ოდიშის ეპისკოპოსი ლეონიდე; 3) საქართველოს ეკლესიის მმართველობა ევალება აღმასრულებელ კომიტეტს, რომელშიც შედიან როგორც სასულიერო, ისე საერო პირები.

იმავე წლის სექტემბერში, ქართულმა ეკლესიამ, 106 წლიანი იძულებითი შუალედის შემდეგ, კვლავ აირჩია კათოლიკოს-პატრიარქი. ეს პატივი და ჯვარი წილად ხვდა ავტოკეფალიისათვის დაუცხრომელ მებრძოლს, კირიონს, რომელიც შემდგომ ვერაგულად მოკლეს მარტყოფის მონასტერში.

ღვთის განგებით, საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალია მსოფლიოს ყველა მართლმადიდებლურმა ეკლესიამ აღიარა, მაგრამ არ არსებობდა ამ აღიარების წერილობითი დასტური, რომლის უქონლობის გამოც, ჩვენს წმიდა წინაპრებს ხშირად უხდებოდათ ბრძოლა საქართველოს მრავალტანჯული ეკლესიის დამოუკიდებლობის დასამტკიცებლად.

სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის ილია II-ის მოღვაწეობით, მსოფლიოს საპატრიარქომ 1990 წელს ოფიციალურად ცნო და აღიარა საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალურობა. ამავე წლის 4 მარტს, მართლმადიდებლობის დღესასწაულის დღეს, კონსტანტინეპოლის მთავარეპისკოპოსმა და მსოფლიო პატრიარქმა ყოვლადუწმიდესმა დიმიტრიოსმა საზეიმო ვითარებაში გადასცა სრულიად საქართველოს კათალიკოს-პატრიარქს ილია II-ს საქართველოს უწმიდესი მართლმადიდებელი ეკლესიის ავტოკეფალიის ცნობისა და მტკიცების, და საქართველოს უწმიდესი ეკლესიის მეთაურის საპატრიარქოს ტიტულის ცნობისა და ბოძების სიგელები.

ეს იყო უდიდესი გამარჯვება. ,,ეს იყო ქართული ეკლესიის დამოუკიდებლობის საზეიმო და საბოლოო აღიარება“ - აღნიშნავდა საქართველოს კათაკოლის-პატრიარქი ილია მეორე.

ამჟამად საქართველოს ავტოკეფალურ ეკლესიას დიპტიხში მე-6 ადგილი არაოფიციალურად უკავია.